Скачиваем последнюю версию YUI Comressor и перемещаем его в на диск куда удобно.

После идем в настройки PHPStorm, сюда: Setting -> Tools -> File Watchers и добавляем там 2 строки для js и css отдельно. Прописать необходимо только путь до нашего файлика.

В целом это все, теперь при работе с css и js файлами будет создаваться/обновляться их уменьшенная версия. Опишу только еще один момент

Как убрать ошибку создания файлов *.min.js для уже уменьшенных файлов (т.е. убрать зацикленность *.min.min.js)

Если вас как и меня напрягает создание зацыкленных файлов например main.min.min.js или style.min.min.css там где это не нужно, это можно исправить.

Для этого снова идем в настройки Setting -> Appearance & Behavior -> Scopes и там создаем 2 шаблона:

После чего меняем в File Watchers на вновь созданные шаблоны

Все!